形似人的耳朵，故名木耳；又似蛾蝶玉立，又名木蛾；因它的味道有如雞肉鮮美，故亦名樹雞、木機（古南楚人謂雞為機）：重瓣的木耳在樹上互相鑲嵌，宛如片片浮云，又有云耳之稱。

人們經常食用的木耳，主要有兩種：一種是腹面平滑、色黑、而背面多毛呈灰色或灰褐色的，稱毛木耳（通稱野木耳）；另一種是兩面光滑、黑褐色、半透明的，稱為光木耳。毛木耳朵較大，但質地粗韌，不易嚼碎，味不佳，價格低廉。光木耳質軟味鮮，滑而帶爽，營養豐富，是人工大量栽培的一種．

黑木耳由菌絲體和子實體兩部分組成。菌絲體無色透明，是由許多橫隔膜和分枝的管狀菌絲組成，它是黑木耳分解和吸取養分的營養器官。子實體是食用部分，它是黑木耳的繁殖器官。子實體初生時為杯狀或豆粒狀，逐漸長大后變成波浪式的葉片狀或耳狀。許多耳片聚集在一起呈菊花狀。

新鮮的子實體半透明，膠質，富有彈性，直徑一般為4-6厘米，大者可達10-12厘米，干燥后急劇收縮成角質，且硬而脆。子實體有背腹面之分，背面（貼耳木的一面）凸起，呈暗青灰色，密生許多柔軟短絨毛（這種毛的特性在木耳分類上非常重要），這種毛不產生擔孢子。腹面下凹，表面平滑或有脈絡狀皺紋，呈深褐色或茶色，成熟時表面密生排列整齊的擔孢子。

在顯橫鏡下觀察，擔孢子呈腎形，大小為9-14×5-6μm，無色透明，許多擔孢子聚集在一起呈白粉狀。子實體干燥后，體積強烈收縮，擔孢子像一層白霜粘附在它的腹面。當干燥的黑木耳吸水膨脹后，即會恢復其原來新鮮時的舒展狀態。